인건비계상률 관리, 참여율과 계산 기준이 다른 이유
연구과제를 두세 개 겹쳐 맡은 연구원의 인건비를 잡다 보면, 협약서마다 적힌 비율을 더해 보고 나서야 손이 멈추는 자리가 있습니다.
"인건비 참여율"로 검색해 들어오셨다면 먼저 짚을 것이 있는데요, 2021년 1월 1일 국가연구개발혁신법이 시행되면서 현행 규칙의 이름은 인건비계상률로 바뀌었고 종전 참여율과는 분모부터 다릅니다.
2026년 9월 9일 기준 국가연구개발혁신법이 적용되는 사업의 고시를 정리한 내용이며, 지자체나 개별 진흥원이 따로 공고한 사업은 기준이 다를 수 있습니다.
130%는 계상할 수 있는 한도이지, 지급할 수 있는 한도가 아닙니다.
목차
- 참여율과 인건비계상률, 무엇이 달라졌나
- 기관 유형별 한도는 어디까지인가
- 한도를 넘는 순간 무슨 일이 벌어지나
- 인건비계상률은 어떻게 계산하나
- 참여연구자 등록과 계상률 변경은 어디서 하나
- 자주 묻는 질문
참여율과 인건비계상률, 무엇이 달라졌나
종전 참여율은 기관부담분까지 얹은 급여총액을 100으로 놓고 따지던 숫자였는데, 혁신법 시행으로 공동관리규정이 폐지되면서 인건비는 과학기술정보통신부 고시 「국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준」(제2026-38호, 2026년 5월 6일 시행) 제39조제1항의 계산식에 따른 인건비계상률로 계상합니다.
| 구분 | 종전 참여율 | 현행 인건비계상률 |
|---|---|---|
| 근거 | 구 공동관리규정 별표 2 | 고시 제39조·제48조·제65조 |
| 분모 | 급여총액 | 급여(연구수당·연구개발능률성과급 제외) |
| 기관부담금·퇴직급여충당금 | 분모에 포함 | 분모에서 제외, 인건비 비목에서 별도 계상 |
| 뜻 | 실제 참여 정도를 겸함 | 인건비와 연구수당 계상 용도로만 |
| 관리 단위 | 과제 합산 130% | 정부출연기관 연평균, 그 외 월별 |
| 시스템 입력 | 매월 | 회계연도 종료일까지 |
가장 자주 어긋나는 자리가 분모라, 옛 습관대로 기관부담금까지 넣어 계산하면 한도 안이라고 믿었던 숫자가 정산 때 뒤집힙니다.
옛 습관대로 기관부담금을 분모에 넣는 순간, 계상률은 실제보다 낮게 보이기 시작합니다.
기관 유형별 한도는 어디까지인가
한도는 기관 유형마다 조문이 따로 있고, "연평균"과 "월별"이라는 단위까지 다릅니다.
| 기관 유형 | 참여연구자(학생 제외) | 연구근접지원인력 | 학생연구자 | 근거 |
|---|---|---|---|---|
| 정부출연기관(고시 제2조 6호) | 연평균 130% 이하 | 연평균 100% 이하 | 월별 100% 이하 | 제39조⑤, 제40조⑤ |
| 대학 | 월별 100% 이하 | 월별 100% 이하 | 월별 100% 이하 | 제48조⑤, 제49조 |
| 전문생산기술연구소 | 연평균 130% 이하 | 제39조 준용 | 제40조 준용 | 제57조① |
| 그 밖의 비영리기관 | 월별 100% 이하 | 제48조 준용 | 제49조 준용 | 제57조② |
| 영리기관 | 월별 100% 이하 | 해당 없음 | 해당 없음 | 제65조⑦ |
여기서 재는 것은 인건비계상률, 학생인건비계상률, 미지급인건비계상률, 학생인건비 지급률을 전부 더한 총인건비계상률이며, 정부출연기관은 기본사업 인건비까지 합산에 들어갑니다. [근거 : 고시 제39조제5항]
130%가 계상 한도라는 점도 헷갈리기 쉬운데, 고시 제39조제6항은 연평균 총인건비계상률이 100%를 넘더라도 연 급여를 초과해 인건비를 지급하지는 못하도록 못박고 있습니다.
한도를 넘는 순간 무슨 일이 벌어지나
합산이 한도를 넘으면 그 인건비계상률 초과분은 사용기준을 위반한 연구개발비가 되어 정산에서 인정받지 못하고, 위반액 전액을 반납하게 됩니다. [근거 : 국가연구개발혁신법 시행령 제26조제5항 2호]
정산 결과에는 이의신청을 한 번 할 수 있고, 회수 통보를 받으면 1개월 이내에 반납하는 것이 기본 흐름입니다. [근거 : 고시 제84조, 과기정통부 매뉴얼]
숫자를 잘못 잡은 실수와 달리, 참여하지 않은 사람을 올리거나 학생을 상위 과정으로 꾸며 인건비를 더 계상하면 결이 달라집니다.
계상률 초과는 반납으로 끝나지만, 허위 등록은 다음 과제 참여 자격까지 잃는 문제입니다.
혁신법 제32조는 부정행위에 10년 이내의 참여제한과 지급액 5배 이내의 제재부가금을 함께 부과할 수 있게 하고, 구간별 기준은 시행령 별표 6과 별표 7이 정합니다.
- 참여제한 : 위반 사용액 1,000만원 이하는 6개월 이상 2년 이내, 5억원 초과는 7년 초과 10년 이내
- 제재부가금 : 사용기준 위반은 1억원 이하 위반액 전액, 거짓·부정한 신청·수행은 기관에 정부지원연구개발비 전액, 개인에게는 그 전액의 20%
같은 위반이라도 기관과 개인의 부과율이 다르므로, 제재 수치는 어느 쪽 표인지부터 가려 읽으셔야 합니다.
인건비계상률은 어떻게 계산하나
고시 제39조제1항의 계산식을 공공기관 안내가 옮긴 문장으로 쓰면 아래 한 줄입니다.
- 인건비계상률(%) : 해당 연도(월)에 그 과제 연구개발비에서 참여연구자·연구근접지원인력에게 지급하는 인건비 ÷ 연(월) 급여 × 100
분모인 급여는 1년(1개월)간 급여 총액에서 연구수당과 연구개발능률성과급을 뺀 공제 전 총급여이며, 정부출연기관은 포상까지 뺍니다. [근거 : 고시 제39조제3항·제48조제3항·제65조제3항]
사례집 예시대로 월 급여 300만원인 연구원이 한 과제에서 월 100만원을 받으면 33.3%이고, 산출한 계상률은 기관장과 협의해 회계연도 종료일까지 연구비통합관리시스템에 입력합니다. [근거 : 고시 제39조제2항]
현금으로 계상하는 인건비 말고도 총인건비계상률에 더해지는 항목이 있습니다.
- 미지급인건비 : 소속기관 급여 등 연구개발비가 아닌 재원으로 급여를 받는 기간의 실제 참여 정도를 미지급인건비계상률로 산출
- 현물 인건비 : 대학 교원, 공무원, 영리기관 임직원처럼 현금 계상이 막힌 인력은 현물로 계상
- 학생인건비 : 비통합관리는 학생인건비계상률, 통합관리기관은 학생인건비 지급률, 하한은 월 학사 130만원·석사 220만원·박사 300만원
미지급인건비계상률은 사업마다 상한을 따로 두는 경우가 있으니, 협약 전에 공고문의 인건비 항목을 한 번 더 살펴보시기 바랍니다.
참여연구자 등록과 계상률 변경은 어디서 하나
참여연구자 등록과 인건비계상률 변경이 승인 사항인지 통보 사항인지에 따라 처리 속도가 완전히 달라집니다.
- 통보 사항 : 참여연구자 추가·제외, 계상률과 산출근거 연봉 변경, 비영리기관 인건비 변경, 영리기관 현물 인건비 변경
- 승인 사항 : 영리기관 현금 인건비 총액 변경, 신규인력 현금 계상 인건비 감액
연구책임자를 제외한 연구자 변경은 협약의 "경미한 사항"이라 통합정보시스템(IRIS) 등록이 곧 통보인 반면, 영리기관의 현금 인건비 총액 변경은 중앙행정기관의 장의 사전 승인을 받아야 합니다. [근거 : 혁신법 제11조제3항, 시행령 제14조제2항, 고시 제73조제1항 4호]
통보성과 승인성을 한 건으로 묶어 신청하면 승인이 날 때까지 통보성 변경도 함께 멈춘다고 한국연구재단이 안내하고 있으니, 급한 연구원 추가는 따로 올리는 편이 낫습니다.
| 무엇 | 어디서 | 주소 | 메뉴 경로 | 확인일 |
|---|---|---|---|---|
| 고시·시행령 원문 대조 | 국가법령정보센터 | https://www.law.go.kr | 행정규칙 검색 > 고시 제39조·제48조·제57조·제65조 | 2026-09-09 |
| 참여연구자 등록·계상률 변경(통보) | 범부처통합연구지원시스템(IRIS) | https://www.iris.go.kr | R&D 업무포털(로그인 필요) > 과제수행 > (승인통보)협약변경신청 > 연구기관 탭 > 연구원변경 | 2026-09-09 |
| 인건비계상률 계산기 파일 | 한국연구재단 | https://www.nrf.re.kr | 사업공고의 접수 매뉴얼 첨부, 통합검색 "인건비 계상률 계산기" | 2026-09-09 |
IRIS 메뉴 이름은 기능 개선에 따라 바뀔 수 있어 위 경로는 2026년 9월 9일 기준이며, 협약변경으로 고친 계상률은 연구비통합관리시스템에 자동으로 넘어가지 않아 거기서 따로 수정해야 합니다.
정산에서는 참여연구자현황표의 계상률을 급여명세서, 계좌이체 증명과 맞춰 보므로, 새 과제를 협약할 때마다 그 연구원이 걸린 과제의 인건비계상률을 한 표에 합산해 두면 초과는 거의 그 자리에서 걸립니다. [근거 : 한국연구재단 정산 길라잡이]
급여와 4대보험 처리 자체는 일반 급여 실무와 같으니, 입사·퇴사가 겹치는 달의 기한은 입사·퇴사 처리, 인사담당자가 가장 자주 놓치는 기한에서 함께 보시면 됩니다.
자주 묻는 질문
• 총인건비계상률이 100%를 넘으면 곧바로 위반인가요
정부출연기관과 전문생산기술연구소는 연평균 130%까지 계상할 수 있어 100% 초과 자체는 위반이 아니지만, 대학·영리기관·그 밖의 비영리기관은 월별 100%가 한도라 넘는 달의 초과분이 정산에서 인정되지 않습니다.
• 학생인건비도 같은 표에 합산하나요
학생연구자는 참여연구자와 별도 축으로 월별 100%를 따로 관리하며, 고등교육재정지원사업 인건비와 장학금, 강사·겸임·초빙교원 인건비, 그 밖의 근로·사업소득은 합산에서 빠집니다.
• 계상률 소수점은 몇 자리까지 쓰나요
고시에는 소수점 규정이 없고 IRIS 질문집 안내 기준으로 소수점 둘째 자리까지 입력할 수 있어서, 사례집 예시처럼 33.3%로 잡아도 됩니다.
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이 글은 2026년 9월 9일 기준 각 기관 공식 안내를 정리한 정보 제공 목적의 글이며, 특정 사업장이나 특정 개인에 대한 판단이 아니고 개별 문의에 응하지 않습니다.
노트밀은 세무대리·노무대리·법률사무를 하지 않고, 법령과 고시는 언제든 바뀔 수 있어 이 글만 보고 내린 결정까지 책임지지는 못합니다.
이 글은 길을 찾는 데까지 쓰시고, 우리 사업장에 실제로 어떻게 적용되는지는 사업을 공고한 소관 부처나 전담기관에 문의하시거나 세무사에게 한 번 더 확인해보십시오.