연구비 정산 불인정 항목, 회수와 환수가 갈리는 기준

과제가 끝나고 사용실적보고서를 올린 지 두어 달 뒤, 전담기관에서 온 정산 결과 통보서를 열어 보면 매번 같은 자리에서 손이 멈춥니다.

반응형

 

 

연구비 정산 불인정 항목은 대개 큰돈이 아니라 회의비 식비 한 건이나 종료일 며칠 뒤에 결제된 재료비 한 건처럼 사소한 곳에서 나오는데요, 그 금액이 반납으로 끝나는지 참여제한과 제재부가금까지 이어지는지는 통보서만 봐서는 보이지 않습니다.

 

이 글은 2026년 9월 9일 기준으로 국가연구개발혁신법이 적용되는 과제를 정리한 것이며, 지방자치단체나 개별 진흥원의 자체 사업은 기준이 달라질 수 있어 협약서와 공고문을 함께 보셔야 합니다.

정산에서 인정받지 못한 돈은 "회수"와 "환수" 두 갈래로 갈리고, 둘은 법령상 다른 돈입니다.

목차

• 연구비 정산에서 "불인정"은 무엇을 뜻하나
• 비목별로 어떤 항목이 불인정으로 걸리나
• 불인정 금액은 회수로 끝나나, 환수와 제재로 가나
• 정산은 언제까지, 어디서 하나
• 종료 전에 담당자가 스스로 볼 순서
• 자주 묻는 질문

연구비 정산에서 "불인정"은 무엇을 뜻하나

시행령은 정산을 사용실적보고서의 사용용도와 사용실적이 별표 2의 사용용도와 법 제13조의 사용 기준에 맞는지 검토하는 일로 정의하고, 그 검토에서 맞지 않는다고 판정된 금액이 불인정 금액이죠. [근거 : 국가연구개발혁신법 시행령 제26조]

 

어디까지가 맞는 사용인지는 「국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준」 고시(제2026-38호, 2026년 5월 6일 시행)가 비목 단위로 정하는데, 이 고시는 2026년에만 두 차례 바뀌었고 5월 6일 시행본에서 회의비 식비 요건과 소액 과제 정산 방식이 달라졌으므로, 2025년 사례집이나 올해 상반기 이전 안내문을 기준으로 삼으면 반년 전 규정으로 정산을 준비하게 됩니다.

비목별로 어떤 항목이 불인정으로 걸리나

아래 표는 한국연구재단 정산 백서와 사례집의 지적 유형 가운데 고시 조문으로 바로 근거를 댈 수 있는 것만 비목마다 두세 개씩 추린 것입니다.

비목	대표 불인정 유형	근거
인건비	참여연구자별 계상률 월 100% 초과(정부출연기관은 연평균 130%)	고시 제65조⑦, 제39조⑤
인건비	전임교원·공무원의 인건비 현금 계상, 영리기관의 요건 밖 인력 현금 계상	고시 제48조④, 제65조④
학생인건비	계상률 월 100% 초과, 지급된 학생인건비 회수·공동관리	고시 제40조, 제49조
연구시설·장비비	종료일 2개월 전 이후 구입·설치(장비구축 과제 등 예외)	고시 제23조⑥
연구시설·장비비	3천만 원 이상 장비의 심의 누락·ZEUS 미등록, 분할 결제로 심의 회피	고시 제23조③④
연구재료비	종료일 이후 구매(검수 완료 기준), 홍보용 모형 등 성과활용 성격의 제작비	고시 제22조④, 제17조
연구활동비	참여연구자만 모인 회의의 식비(연구혁신비 계상 과제는 예외)	고시 제25조④, 제25조의2
연구활동비	평일 점심 식대, 출장비에 식비가 포함된 날의 식대, 환급 가능한 교육비	고시 제25조⑭
연구활동비	다른 과제와 겹치는 출장, 국외 출장의 계획서·결과보고서 누락	고시 제21조④, 제25조⑦⑧
연구수당	수정인건비 20% 초과, 2명 이상 과제에서 1명에게 70% 초과 지급	고시 제26조①⑥
간접비	직접비 집행비율 50% 이하에서 간접비 집행비율이 더 높은 경우의 산식 금액	시행령 제26조⑤
공통	환급 가능한 부가가치세, 주류 등 유흥성 비용, 참여기관 간 거래와 내부거래	고시 제21조④

표에서 오해가 가장 많이 쌓이는 자리가 회의비 식비인데요, 현행 고시는 해당 과제의 참여연구자만 참여하는 회의에 식비를 계상하지 못하게 할 뿐이고 2026년 5월 5일까지 있던 다른 요건은 사라졌습니다. [근거 : 고시 제25조④]

 

다만 회의 뒤 한참 지나 결제된 건이나 회의 장소와 결제 장소가 다른 건은 한국연구재단 점검 항목이 따로 들여다보는 유형이므로, 조문에 없다고 안심할 자리는 아닙니다.

불인정 금액은 회수로 끝나나, 환수와 제재로 가나

같은 불인정 금액이라도 정산 단계의 연구비 회수로 끝나는지, 부정행위로 넘어가 연구비 환수와 제재처분까지 가는지는 근거 조문부터 다릅니다.

• 회수 : 정산에서 인정받지 못한 금액과 직접비 사용 잔액 등을 돌려받는 것, 통보받은 날부터 1개월 이내 반납 (시행령 제26조⑤, 고시 제83조)
• 환수 : 사용 기준 위반이 부정행위로 판단됐을 때 위반해 쓴 정부지원연구개발비만큼 돌려받는 것, 통보받은 날부터 30일 이내 납부 (법 제32조③, 시행령 제63조)
• 병과 : 환수와 별도로 참여제한과 제재부가금 부과 가능 (법 제32조①②)

회수 대상은 시행령이 여섯 가지로 정해 두었고, 현금 계상분 중 인정받지 못한 금액은 정부 지원금 지분에 해당하는 금액만 회수합니다. [근거 : 시행령 제26조⑤, 고시 제83조①]

 

회수 금액 통보에 이의가 있으면 통보받은 날부터 1개월 이내에 1회 정산 이의신청서를 낼 수 있고, 타당하다고 인정되면 재정산해 회수 금액이 바뀝니다. [근거 : 고시 제84조]

법령 어디에도 "얼마 이상이면 부정행위"라는 금액 문턱은 없습니다.

어느 쪽으로 가는지를 가르는 요소는 법이 정한 제재사유의 중대성, 고의 유무, 위반 횟수, 과제 진행 정도 네 가지이고, 시행령 별표 6·7의 금액 구간표는 제재하기로 한 뒤에 수위를 정하는 표일 뿐입니다. [근거 : 법 제32조④]

 

2026년 9월 9일 현재 시행 조문의 상한은 참여제한 10년 이내, 제재부가금 5배 이내(이미 지급한 정부 연구개발비 기준)이며, 별표 6·7은 위반 금액 1,000만 원 이하부터 5억 원 초과까지 다섯 구간으로 나눕니다. [근거 : 법 제32조①, 시행령 별표 6·7]

 

참여제한 상한을 20년, 제재부가금 상한을 30배로 올리는 개정법이 2027년 3월 시행 예정이라고 정부가 발표했으므로, 별표 6·7의 구간과 배율도 그때 하위법령 정비로 함께 바뀔 수 있습니다.

 

감경 사유는 기관의 자체 검증·조치, 조사 협조, 사소한 부주의나 오류, 그 밖의 사정 네 가지뿐이고, 처분 전 자진반납이 환수에 갈음한다는 것은 제재처분 가이드라인 해설에 있는 실무 기준이라 시행령 조문에 적힌 규정은 아닙니다. [근거 : 시행령 별표 6·7]

 

반대로 학생인건비·연구수당 위반과 참여제한이 끝난 뒤 5년 안의 재발은 가중 사유이고, 회수 금액을 정당한 사유 없이 내지 않으면 낼 때까지 참여제한이 걸립니다. [근거 : 시행령 별표 6]

판단선은 금액보다 고의성과 반복성에 있고, 어느 쪽인지는 전담기관과 소관 부처가 판단합니다.

정산은 언제까지, 어디서 하나

정산 절차는 단계 종료일을 기준으로 앞뒤 기한이 걸려 있고, 보조금 관리에 관한 법률의 정산보고서 기한과는 숫자가 달라 두 법을 섞어 외우면 안 됩니다.

단계	기한·내용	근거
연구개발비 사용 마감	과제(단계) 종료일, 종료 전 지출원인행위분과 공공요금·연구수당은 사용실적 보고일까지	고시 제22조④
사용실적보고서 제출	단계 종료일부터 3개월 이내, 자체 회계감사 의견서(별지 제5호) 첨부	시행령 제26조①, 고시 제80조
회수 금액 반납	통보받은 날부터 1개월 이내	고시 제83조③
정산 이의신청	통보받은 날부터 1개월 이내, 1회	고시 제84조
환수금·제재부가금 납부	사전통지 후 20일 이내 재검토 요청, 결정 통보 후 30일 이내 납부	법 제33조, 시행령 제63조

5월 6일 시행 고시는 연차별 평균 5천만 원 미만 소액 과제를 제출 여부 확인만으로 정산할 수 있게 했지만, 미제출·외부 지적·부정행위 과제 등을 15% 범위에서 필수로 골라 상세정산으로 넘기므로 정산을 건너뛰는 것은 아닙니다. [근거 : 고시 제80조⑫]

 

정산은 과제가 협약된 연구비통합관리시스템에서 하며, 부처 계열에 따라 들어가는 곳이 다릅니다.

계열	시스템	주소	정산 메뉴
산업부·환경부	통합RCMS	https://www.rcms.go.kr	수행기관 로그인 > 연구비정산 > 사용실적보고서 제출
과기정통부·교육부	통합이지바로	https://www.ezbaro.go.kr	정산 > 사용실적보고 > 사용실적보고서 작성 및 제출

두 시스템 모두 로그인한 뒤에야 정산 메뉴가 열리고 산업부 계열 과제인데 이지바로로 가면 메뉴 자체가 없으므로, 협약서에 적힌 시스템이 정답입니다.

 

과제 종료일과 회계연도 말이 겹치는 12월에는 세무달력 2026, 경영지원 연간 신고·납부 일정표의 신고 일정과 위 정산 기한을 한 달력에 놓고 보시기 바랍니다.

종료 전에 담당자가 스스로 볼 순서

종료일이 다가오면 정산 통보를 기다리지 말고 담당자가 먼저 돌려볼 순서인데요, 한국연구재단이 공통정산에서 자동으로 거르는 항목을 뼈대로 삼았습니다.

• 종료일 3개월 전 : 민간부담금 입금 여부, 현물 부담액의 협약 산식 미달 여부
• 종료일 2개월 전 : 장비·소프트웨어 도입 완료 여부, 3천만 원 이상 장비의 심의번호와 ZEUS 등록번호 대조
• 종료일 : 비목별 잔액이 음수인 항목, 종료일 이후 지출원인행위가 잡힌 건
• 인건비·학생인건비 : 계상률 월 100%(정부출연기관 연평균 130%) 초과, 4대보험 기관부담금을 넣고 계산한 착오
• 연구수당 : 수정인건비 20% 초과, 1인 70% 초과, 연구근접지원인력 지급
• 회의비 : 참여연구자만 모인 회의의 식비(연구혁신비 계상 과제 제외), 회의록이나 내부결재문서와 영수증 짝 맞추기

회계결산 체크리스트, 12월 결산 법인이 챙길 순서와 같이 놓고 보면, 회계연도 말과 과제 종료일이 겹칠 때 증빙이 두 갈래로 흩어지는 일이 줄어듭니다.

자주 묻는 질문

• 정산에서 불인정된 금액은 전부 환수로 이어지나

아닌데요, 정산 단계에서 인정받지 못한 금액은 통보 후 1개월 안에 반납하는 회수 대상이고, 사용용도·사용 기준 위반이 부정행위로 판단된 경우에만 환수와 제재처분 대상이 될 수 있습니다.

• 참여연구자끼리 한 회의의 식비는 어디까지 되나

참여연구자가 아닌 사람이 한 명이라도 참석한 회의라면 계상할 수 있고, 연구혁신비를 계상한 과제는 내부 회의 식비도 그 비목에서 쓸 수 있습니다.

• 소액 과제는 정산을 안 받나

연차별 평균 5천만 원 미만 과제는 제출 여부 확인만으로 정산이 끝날 수 있지만, 15% 필수 선별에 걸리면 상세정산을 받으므로 증빙은 똑같이 종료 후 5년간 갖춰 두셔야 합니다.

---

연구비 정산 불인정 항목은 통보서가 오기 전 종료일 3개월 전 점검표에서 먼저 걸러야 하므로, 지금 진행 중인 과제의 협약서에 적힌 시스템과 종료일부터 달력에 옮겨 두시기 바랍니다.

---

이 글은 2026년 9월 9일 기준 각 기관 공식 안내를 정리한 정보 제공 목적의 글이며, 특정 사업장이나 특정 개인에 대한 판단이 아니고 개별 문의에 응하지 않습니다.

노트밀은 세무대리·노무대리·법률사무를 하지 않고, 법령과 고시는 언제든 바뀔 수 있어 이 글만 보고 내린 결정까지 책임지지는 못합니다.

이 글은 길을 찾는 데까지 쓰시고, 우리 사업장에 실제로 어떻게 적용되는지는 사업을 공고한 소관 부처나 전담기관에 문의하시거나 세무사나 공인회계사에게 한 번 더 확인해보십시오.